La infección más común relacionada con el uso de lentes de contacto es la queratitis, una infección de la córnea (la capa curva transparente que cubre el iris de sus ojos y la pupila). La queratitis puede tener múltiples causas que incluyen herpes, bacterias, hongos y microbios. No se transmite de persona a persona. En el caso de la queratitis fúngica, esta es más común en climas cálidos.
Brotes recientes de queratitis por lentes de contacto incluyen la queratitis por Fusarium, una forma de infección fúngica, y la queratitis por Acanthamoeba. Los factores de riesgo para desarrollar una queratitis fúngica incluyen trauma (usualmente cuando material vegetal entra en el ojo), enfermedad crónica o recurrente en la superficie del ojo, un sistema inmune deficiente, y raramente el uso de lentes de contacto.